Toute personne en état de mort encéphalique est signalée par la coordination hospitalière au régulateur régional de l'Agence de la biomédecine, qui va immédiatement constituer le dossier donneur (éléments cliniques, biologiques, éventuelles contre-indications au prélèvement) qui permettra d’évaluer les différents organes aptes à être prélevés. L'interrogation du registre national des refus et le contact avec les familles sont de la compétence des équipes hospitalières.
 
Après consultation de la liste nationale d’attente, le régulateur contacte les différentes équipes médicales et chirurgicales en vue de l’organisation du prélèvement et ce dans le respect des règles de répartition et d’attribution des différents greffons. La régulation d’un prélèvement d’organes et de tissus dure en moyenne 24 heures.

Et parce que les greffons sont rares, ces règles de répartition sont rédigées par des groupes d’experts puis homologuées par le ministre chargé de la Santé et enfin publiées au Journal Officiel sous forme d’arrêté ministériel.
Une fois parues, les modalités d’application de ces règles de répartition sont détaillées dans des guides de procédures, utilisés par les services de régulation et d’appui.

L’objectif de ces règles est d’assurer une répartition la plus équitable possible et de rechercher le meilleur receveur. Elles tiennent compte des contraintes techniques liées au prélèvement, au transport et au maintien de la qualité du greffon.